X-omics
Nederlands X-omics-initiatief
Wereldwijd gerenommeerde Nederlandse leiders op het gebied van genomica, proteomica, metabolomica en multi-omics data-integratie & analyse hebben in 2018 hun krachten gebundeld om het Netherlands X-omics Initiative te realiseren. Samen hebben zij de sterke Nederlandse voetafdruk op het gebied van 'omics'-technologie uitgebreid met innovaties die 1. de grenzen van de individuele omics-technologieën verleggen, met de nadruk op next generation sequencing, massaspectrometrie en bio-informatica, en 2. een gemeenschappelijk kader voor data-integratie en -analyse realiseren om hoogwaardige X-omics-studies te stimuleren. X-omics heeft doorbraken in de analytische en biologische wetenschappen mogelijk gemaakt voor innovaties en impact.
Infrastructuur en gebruikersdiensten
De X-omics-infrastructuur bestaat uit 4 pijlers. De genomics-pijler omvat kernfaciliteiten bij het UMC Utrecht (Utrecht Sequencing Facility) en Radboudumc (Radboudumc Genomics Technology Center) die samen beschikken over meer dan 35 next-generation sequencers, variërend van high-content Whole Genome Sequencers tot high-throughput lower-content sequencers, gecombineerd met automatiseringssystemen, HPC- en analysesoftware en bijbehorende protocollen voor single-cell- en ruimtelijke omics-analyses. De proteomics-pijler omvat faciliteiten aan de Universiteit Utrecht (Biomolecular Mass Spectrometry & Proteomics), het Nederlands Kanker Instituut en Radboudumc (Translational Metabolic Laboratory) die samen, in combinatie met de faciliteiten voor de validatie van eiwitbiomarkers aan ErasmusMC en Rijksuniversiteit Groningen, beschikken over meer dan 40 massaspectrometers, variërend van ultra-high resolution QTOF MS tot high-throughput QqQ MS-systemen. De metabolomica-pijler (inclusief lipidomica) omvat de Universiteit Leiden (afdeling Analytische BioWetenschappen van het Leiden Academic Centre of Drug Research), LUMC (Proteomics and Metabolomics Laboratory), ErasmusMC en Radboudumc (Translational Metabolic Laboratory), die samen beschikken over meer dan 30 massaspectrometers, variërend van systemen met hoge resolutie tot systemen met hoge doorvoercapaciteit. De pijler data-analyse, -integratie en -beheer bestaat uit datawetenschappers van X-omics-partners uit heel Nederland, gecoördineerd door het Radboudumc en het UMCG.
Details en links naar onze laboratorium- en datafaciliteiten en -mogelijkheden en -diensten zijn te vinden op www.x-omics.nl.
Voorbeelden/beschrijving van het type onderzoek
De X-omics-infrastructuur maakt een breed scala aan onderzoek mogelijk, variërend van biomedisch onderzoek naar mechanismen van gezondheid en ziekte, biologie van celmetabolisme, validatie van biomarkers, analytische biotechnologische optimalisaties en populatieonderzoek, om maar een paar voorbeelden te noemen. We hebben samengewerkt met wetenschappers in een aantal multi-omics-demonstraties, wat sinds de start van X-omics heeft geresulteerd in 300-350 wetenschappelijke peer-reviewed artikelen per jaar.
Toegang tot de infrastructuur
X-omics biedt gecoördineerde toegang tot verschillende diensten:
- Consultancy en advies over X-omics/multi-omics-benaderingen, waaronder haalbaarheid, optimale benaderingen voor het gewenste onderzoeksantwoord, onderzoeksopzet en praktische aspecten zoals isolatie en voorbereiding van monsters;
- Een reeks analytische omics-diensten op het gebied van genomica, transcriptomica, proteomica en metabolomica;
- Ondersteuning voor gegevensbeheer, -integratie en -analyse, allemaal volgens de FAIR-gegevensprincipes.