WI-KNAW

Infrastructuur en gebruikersdiensten 

1. Het Westerdijk Instituut is een volledig operationeel microbiologisch laboratorium, uitgerust met hoogwaardige lichtmicroscopen, een scanning-elektronenmicroscoop, analytische instrumenten voor massaspectrometrie (MALDI-TOF) en vloeistofchromatografie (HPLC), en platforms voor DNA-sequencing met behulp van Sanger- en next-generation-technologieën (MinIon- en IonTorrent-sequencers). Micro-organismen in de CBS- en NCCB-collecties worden bewaard met behulp van geavanceerde apparatuur voor lyofilisatie (vriesdrogen) en cryopreservatie. Een klein deel wordt ook actief in stand gehouden op agarmedia door periodieke overdracht. Naast de levende culturen bewaart WI-KNAW ook een DNA-bank met genomische extracten. WI-KNAW is gekwalificeerd voor het werken met menselijke/dierlijke pathogenen van risicogroep 2 en 3, genetisch gemodificeerde microben en quarantaineorganismen. De collecties en bijbehorende databases zijn ook ISO 9001-gecertificeerd. 
2. Het instituut levert schimmel-, gist- en bacterieculturen en bijbehorende gegevens (waaronder morfologische, biochemische, genetische, genomische en transcriptomische gegevens) aan belanghebbenden voor onderzoek op het gebied van milieumicrobiologie tot geneeskunde, en in industrieel en toegepast onderzoek, en voor de productie van voedingsmiddelen en geneesmiddelen. Als zodanig bevordert het de vooruitgang van de levenswetenschappen en de biotechnologische en bio-economische ontwikkeling. 

Het WI-KNAW onderhoudt een groot aantal open access-databases, variërend van taxonomie tot moleculaire identificatie van schimmels, en biedt diensten aan voor schimmelidentificatie, beveiligde opslag van schimmels en bacteriën, en levert microben om problemen op het gebied van duurzaamheid, klimaatverandering en biodiversiteit op te lossen, en cursussen over schimmelidentificatie, binnenschimmels en schimmelbiodiversiteit.  

Het WI-KNAW is klaar om op te treden als het Nederlandse nationale knooppunt voor MIRRI-ERIC. 

Voorbeelden/beschrijving van het type onderzoek 

Het Westerdijk Instituut faciliteert en voert onderzoek uit op drie thema's, namelijk landbouw, gezondheid en industrie. In de landbouw richten groepen zich op de bestrijding van schimmelpathogenen in voedsel- en vezelgewassen om de handel te bevorderen en voedselbederf tegen te gaan. Op het gebied van gezondheid ligt de focus op snelle klinische schimmeldiagnostiek, microbiële resistentie en epidemiologie van pathogene schimmels (Nederlands Centrum voor One Health). In de industrie richten groepen zich op schimmels in bouwmaterialen, nieuwe schimmelproducten, antibiotica en antimitotica, schimmelenzymen, metabolieten en de bio-economie. Onderzoeksprojecten worden over het algemeen uitgevoerd in samenwerking met universiteiten, instituten, bedrijven en internationale partners. Met behulp van taxonomische expertise over stammen en beschikbare gerelateerde gegevens ondersteunen curatoren en experts van het instituut ook externe gebruikers van de biobanken. Bijvoorbeeld bij het bepalen van de best mogelijke selectie van CBS- en NCCB-stammen voor hun beoogde onderzoeks- en ontwikkelingsdoeleinden. Dit leidt vaak tot commerciële licentieovereenkomsten, waardoor een deel van de inkomsten uit succesvolle commercialisering terugvloeit naar de infrastructuur en zelfs resulteert in het aangaan van nieuwe samenwerkingsverbanden. 

Toegang tot de infrastructuur 

• Fysieke toegang: bestellingen van stammen (45%); training Bezoekende wetenschappers, promovendi (15%) 
• Virtuele (digitale) toegang: database (25%) 
• Toegang op afstand:  softwaregebruik / data-analyse (15%)