NPC

Infrastructuur en gebruikersdiensten

In het NPC bieden wij toegang tot geavanceerde massaspectrometrie en proteomics. Hoge-resolutie-instrumenten zoals timsTOF, Orbitraps, ZenoTOFs en moderne triple quadrupole-systemen bieden een ongekende gevoeligheid, snelheid en dynamisch bereik. Naast zeer gevoelige Mass specs, voegen technieken zoals ionmobiliteit, fractionering, verrijking en chromatografie extra dimensies toe voor een zeer diepe analyse van het (patiënt)materiaal. Wij beiden toegang tot deze instrumenten als een servicemodel, waarbij onze operators samenwerken met de gebruikers om de experimenten uit te voeren. Dit begint met het ontwerpen van het juiste experiment voor de boogde onderzoeksvraag. Tevens zal er gekeken worden naar de kwaliteit van het materiaal en wordt er in overleg een plan gemaakt over de voorbereiding van het materiaal en het type experiment. Na afloop bieden wij ondersteuning bij de data-analyse door middel van onze intern ontwikkelde geavanceerde software en AI/ML strategieën, om het maximale uit jouw data te kunnen halen. 

Voorbeelden/beschrijving van het type onderzoek 

Proteomics-onderzoek maakt gebruik van massaspectrometrie (MS) om de volledige set eiwitten (het proteoom) in cellen, weefsels of organismen volledig te analyseren. Deze aanpak identificeert en kwantificeert eiwitten, hun modificaties, interacties en dynamiek binnen biologische systemen. Onderzoekers passen proteomics toe om fundamentele principes in de biologie te bestuderen, maar ook om biomarkers voor diagnose en -monitoring te ontdekken, medicijndoelwitten te identificeren en therapeutische mechanismen te bestuderen, en eiwit-eiwitinteractienetwerken in kaart te brengen. Door middel van diverse labeling of verrijkingsstrategieën kunnen we bijvoorbeeld de interactie tussen 2 cellen in kaart brengen, in kaart brengen welke peptiden er op een HLA molecuul worden gepresenteerd, en welke er worden herkend door het immuunsysteem, of hoe eiwitten in het plasma van patiënten door de tijd heen worden gereguleerd.

Proteomics wordt ook gebruikt om posttranslationele modificaties zoals fosforylatie, glycosylatie en lipidering te karakteriseren, veranderingen in eiwitexpressie tijdens de ontwikkeling of het verloop van ziekten te volgen, structurele proteomics en eiwitvouwing te onderzoeken en de dynamiek van het proteoom in reactie op veranderingen in de omgeving te bestuderen. Continue technologische vooruitgang verbetert de kracht van elk proteomics experiment verder, waardoor eiwitten met een steeds lagere abundantie kunnen worden gedetecteerd, wat het mogelijk maakt om een analyse te doen op zeer kleine hoeveelheden patiëntmateriaal, of zelfs op een enkele cel. Tevens zijn high-throughput mogelijkheden sterk verbeterd, waardoor grootschalige studies mogelijk zijn.  

Toegang tot de infrastructuur

Gebruikers krijgen toegang tot de faciliteit door contact op te nemen met een hoofdonderzoeker, senior operator of laboratoriummanager via onze website of door te mailen naar info@netherlandsproteomicscentre.nl, om hun verzoeken te bespreken en de technische haalbaarheid te beoordelen. Experimenten worden samen met de operator ontworpen. Gebruikers kunnen de faciliteit bezoeken tijdens metingen (fysieke toegang) om te helpen bij het voorbereiden van monsters en het analyseren van gegevens, waarbij lokale operators de metingen uitvoeren. Als alternatief kunnen gebruikers monsters opsturen voor analyse en de resultaten op afstand ontvangen. Het centrum biedt ook ondersteuning bij gegevensanalyse, organisatie en openbare opslag volgens de FAIR-principes.