Metabolomics XL

Infrastructuur en gebruikersdiensten 

Metabolomics XL is de high-throughput metabolomics- en exposomics-infrastructuur met als kern het Metabolomics and Analytics Centre (MAC) aan het LACDR/Leiden University. Wij bieden gevalideerde gerichte en niet-gerichte metabolomics, lipidomics en exposomics  state-of-the-art assays voor uitgebreide metabolomics- en exposomics-studies die samen het menselijke metabolisme en een breed scala aan kleine moleculen bestrijken om de blootstelling aan geneesmiddelen, voeding, verontreinigende stoffen en meer te beoordelen.

Onze infrastructuur omvat assays die gericht zijn op ontstekingen, darm- en hersenmetabolisme en het exposoom. We bieden end-to-end ondersteuning: van experimenteel ontwerp en monsterafname tot metingen, data-analyse, identificatie van onbekende verbindingen en interpretatie van resultaten.
In nauwe samenwerking met onze partners stemmen we elk onderzoek af op specifieke biologische vraagstukken, waarbij we gebruikmaken van geavanceerde gerichte en niet-gerichte platforms voor het profileren van metabolieten, lipiden en kleine moleculen. Onze eigen software zorgt voor monitoring van de prestaties van de instrumenten, data-integratie en kwaliteitsbeoordeling. We hebben een pijplijn voor de identificatie van kleine moleculen opgezet.

Voor exposoomstudies integreren we gegevens over kleine moleculen met omgevingsfactoren zoals luchtvervuiling en fijnstof, in samenwerking met experts van het Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS) van de Universiteit Utrecht. De analyse en interpretatie van multi-omicsgegevens wordt ondersteund door partners bij IRAS, Erasmus MC en de afdeling Biomedische Datawetenschappen van het LUMC. Onze infrastructuur beschikt over geavanceerde massaspectrometrieapparatuur (MS) en ondersteunt de voortdurende ontwikkeling van nieuwe assays. Huidige innovaties omvatten extracellulaire vesikelanalyse en ruimtelijk opgeloste MS voor in-vitromodellen, geïntegreerd met geavanceerde beeldvormingstechnologieën via het NL Bioimaging-knooppunt bij LACDR.  

Voorbeelden/beschrijving van het soort onderzoek 

De Metabolomics XL-infrastructuur ondersteunt een breed scala aan onderzoeksvragen door metabolomics- en exposomics-gegevens te verstrekken die een breed scala aan fysiologische processen en omgevingsfactoren bestrijken. Dit helpt bij het ontdekken van vroege biomarkers van ziekten en het identificeren van omgevingsfactoren die ziekten veroorzaken. Deze bevindingen kunnen mechanistisch worden bestudeerd en gevalideerd met behulp van geavanceerde in-vitromodellen, reportercellijnen en MS-gebaseerde analyse. High-throughput-assays met uitgebreide metabolietdekking maken de meest complete metabolome-analyse in menselijke en in-vitromodellen mogelijk, waardoor dynamische veranderingen in het metabolisme en de gezondheid kunnen worden bestudeerd.

In projecten die worden uitgevoerd bij Metabolomics XL kunnen medicijndoelwitten worden ontdekt en gevalideerd, en kan metabolische profilering worden gebruikt in klinische studies en in-vitromodellen om on-target effecten te valideren en mogelijke off-target effecten te identificeren. Metabolomics XL ondersteunt daarom de ontdekking van biomarkers, epidemiologisch onderzoek, systeemfarmacologie en systeembiologie.
Om gebruik te kunnen maken van metabolomics- en exposomics-gegevens van andere studies, zijn de verkregen gegevens zoveel mogelijk kwantitatief en zijn zoveel mogelijk met MS geïdentificeerde kenmerken gedetecteerd, zodat gegevens kunnen worden gecombineerd en andere studies kunnen worden gebruikt voor replicatie van bevindingen. FAIR-gegevens die bij Metabolomics XL worden verzameld, worden opgeslagen in een FAIR-gegevenspunt en zijn ook toegankelijk via openbare databases zoals MetaboLights.

Samenwerkingen met nationale en internationale metabolomica- en exposomica-onderzoekers vergemakkelijken de replicatie van gegevens, bieden gespecialiseerde mogelijkheden en bevorderen de ontwikkeling van nieuwe technologieën en assays.
Er wordt ondersteuning geboden voor een breed scala aan onderzoeksgebieden en -vragen, in de eerste plaats biomedisch en geneesmiddelenonderzoek, voedings- en exposomica-onderzoek, maar ook agrovoedings- en biotechnologisch onderzoek. 

Hoe krijgt u toegang tot de infrastructuur? 

Toegang tot Metabolomics XL kan worden aangevraagd via een online aanvraagformulier, waarin wordt gevraagd naar het onderzoeksontwerp, de motivatie, de verwachte resultaten en de financieringsbronnen. Aanvragen worden gerangschikt op basis van de volgende criteria:
•    wetenschappelijke waarde/uitmuntendheid
•    haalbaarheid
•    verwachte impact
•    vermogen om de kosten te dekken
Studies die ermee instemmen hun gegevens te delen, krijgen een hogere prioriteit.