iMSC
Interfacultair Massaspectrometriecentrum
Het Interfaculty Mass Spectrometry Center (IMSC) is een gezamenlijke onderzoeksinfrastructuur van de Rijksuniversiteit Groningen (Faculteit der Natuurwetenschappen, Techniek en Voedingswetenschappen, Groningen Research Institute of Pharmacy, Analytical Biochemistry) en het Universitair Medisch Centrum Groningen (UMCG). Het centrum zet zich in voor het bevorderen van onderzoek door middel van massaspectrometrie. De missie van het IMSC is het leveren van wetenschappelijke diensten op hoog niveau, het ontwikkelen van innovatieve methodologieën en het bevorderen van onderzoek op gebieden als proteomica, biomarkeronderzoek, lipidomica, metabolomica, glycomica, glycoproteomica, single-cell proteomica, isolatie van extracellulaire vesikels, ruimtelijke omics, multi-omics data-integratie en andere computationele bio-informatica-benaderingen van massaspectrometrie.
Infrastructuur en gebruikersdiensten
Het IMSC biedt tegen betaling toegang tot meer dan 15 massaspectrometers, waaronder 10 geavanceerde platforms met hoge resolutie, ondersteund door geavanceerde systemen voor monstervoorbereiding en geautomatiseerde vloeistofverwerking.
Het centrum biedt een robuuste computationele infrastructuur, waaronder drie high-performance computing clusters uitgerust met meer dan 0,5 TB RAM, meer dan 200 TB opslagruimte en 48-96 CPU-threads. Deze opstelling maakt efficiënte high-throughput data-analyse en multi-omics data-integratie mogelijk. Een grootschalige dataopslagfaciliteit en een speciale bio-informaticaomgeving ondersteunen deze mogelijkheden verder.
De totale investeringen en operationele kosten voor vijf jaar bij IMSC bedragen meer dan 13 miljoen euro. Het centrum ondersteunt zowel klinisch als fundamenteel onderzoek op gebieden zoals kanker (bijv. melanoom, hoofd-halskanker), aandoeningen van de luchtwegen (bijv. COPD, astma) en de ontdekking, kwalificatie en validatie van biomarkers. IMSC is aangesloten bij grote cohorten en biobanken, waaronder OncoLife en Lifelines, onder de paraplu van de Cohort and Biobank Coordination Hub (CBCH).
Het IMSC-team bestaat uit drie hoofdonderzoekers, één manager en zes gespecialiseerde technici met een vast dienstverband, met expertise op het gebied van proteomica, metabolomica, glycomica, glycoproteomica en computationele massaspectrometrie.
De expertise op het gebied van bio-informatica omvat gegevensverwerking, statistische analyse en de ontwikkeling van maatwerksoftware. Tot de interne tools behoren Pipelines and Systems for Threshold-Avoiding Quantification (PASTAQ), MALDIViewer, Glycogenius, MSIWarp en een proteogenomics-pijplijn voor gegevensintegratie.
Voorbeelden/beschrijving van het type onderzoek
Het IMSC voert zowel niet-gerichte als gerichte kwantitatieve bioanalyse uit van eiwitten, peptiden, glycanen, glycopeptiden, lipiden en metabolieten in complexe biologische monsters (bijv. plasma, serum, weefsels en cellijnen). Het beschikt over geavanceerde expertise in het verwerken en statistisch analyseren van hoogdimensionale, multivariate datasets voor vergelijkende proteomica, glycoproteomica en metabolomica, evenals in het integreren van deze gegevens met genomische, beeldvormende en klinische metadata.
IMSC ondersteunt biomarkeronderzoek in de volledige pijplijn – van de eerste ontdekking met behulp van niet-gerichte massaspectrometrieplatforms in kleine cohortstudies tot de kwalificatie, bevestiging en validatie van biomarkers met behulp van gerichte benaderingen in grote klinische cohorten.
Het instituut is momenteel bezig met het opzetten van infrastructuur voor ruimtelijke omics, waaronder massaspectrometriebeeldvorming van kleine moleculen (bijv. geneesmiddelen en hun metabolieten), glycoproteomica en metabolische fluxanalyse met behulp van stabiele isotopenlabeling. Het ontwikkelt ook nieuwe bio-informaticamethoden ter ondersteuning van de analyse van deze gegevenstypen.
IMSC werkt nauw samen met de genomicafaciliteit van het UMCG om next-generation sequencing-gegevens te integreren in proteogenomische en metabologenomische (systeemgeneeskunde) benaderingen, terwijl het ook nieuwe LC-MS/MS-signaalverwerkingsworkflows ontwikkelt.
In het algemeen ontwikkelt IMSC innovatieve analytische, instrumentele en computationele methoden om onderzoek op basis van massaspectrometrie te vertalen naar klinische toepassingen en klinisch onderzoek te bevorderen.
Toegang tot de infrastructuur
IMSC biedt gecoördineerde toegang tot zijn facilitaire diensten op basis van een duidelijk protocol voor het indienen van monsters voor analyse. De diensten omvatten:
- Advies over de toegepaste analysebenaderingen, waaronder haalbaarheid, experimenteel ontwerp, optimale monstervoorbereiding en analysemethoden die geschikt zijn om de onderzoeksvragen te beantwoorden.
- Gebruik van analytische platforms voor massaspectrometrie en instellingen voor gegevensverzameling.
- Optimale gegevensanalyse, samen met gegevensbeheer, integratie en analyse volgens de FAIR-principes voor gegevensbeheer.
Er wordt virtuele toegang geboden tot zowel ruwe gegevens als voorbewerkte gegevens. We werken ook samen met gebruikers aan studies waarvoor zowel droge als natte laboratoriummethoden moeten worden ontwikkeld.