Genomics CoFa
Erasmus MC Genomics Core Facility
De Erasmus MC Genomics Core Facility (Genomics CoFa) biedt op basis van tientallen jaren expertise uitgebreide genomicsdiensten en innovatieprojecten voor onderzoekers en clinici over de hele wereld. Als een van de grootste high-throughputfaciliteiten van Europa ondersteunt de Genomics CoFa meer dan 400 klanten per jaar. De faciliteit is gevestigd in een laboratorium van 500 m² in Rotterdam, heeft ongeveer 26 medewerkers (waaronder technici, bio-informatici en management-/ondersteunend personeel) en beschikt over geavanceerde apparatuur ter waarde van meer dan € 10 miljoen. Deze apparatuur omvat platforms voor vloeistofverwerking, DNA-isolatie, next-generation sequencing en arraytechnologieën. Met high-throughput-protocollen verwerkt Genomics CoFa jaarlijks meer dan 150.000 monsters en biedt het innovatie-expertise voor kleinschalige projecten.
Infrastructuur en gebruikersdiensten
De Erasmus MC Genomics Core Facility (Genomics CoFa) is opgericht in 2002 en bundelt tientallen jaren ervaring op het gebied van genomica met langdurige betrokkenheid bij genomica-onderzoek via grote samenwerkingsnetwerken. De faciliteit wordt geleid door professor dr. Joyce van Meurs en biedt uitgebreide genomica-diensten en innovatieprojecten voor onderzoekers en clinici over de hele wereld.
De diensten omvatten verschillende aspecten van monsterverwerking, een breed scala aan genomica-technologieën en bio-informatica-ondersteuning. Deze omvatten DNA/RNA-isolatie, biobanking en next-generation sequencing voor (grote) populaties, afzonderlijke cellen en microbiomen, evenals array-gebaseerde DNA-methylatie en genetische variatieanalyse. Daarnaast worden proteomica-analyses aangeboden met behulp van het Olink-platform. Bio-informatica-diensten omvatten data-QC, variant calling, PGx- en PRS-profilering en complete GWAS.
Hoewel de Genomics CoFa zich voornamelijk richt op onderzoek, biedt zij ook diagnostische diensten aan in samenwerking met klinische diagnostische afdelingen. Deze omvatten array-genotypering, CNV-analyse, DNA-methylatieprofilering en NGS. Met high-throughput-protocollen verwerkt de Genomics CoFa jaarlijks meer dan 150.000 monsters en biedt zij innovatie-expertise voor kleinschalige projecten.
Als een van de grootste high-throughputfaciliteiten van Europa ondersteunt de Genomics CoFa meer dan 400 klanten per jaar. Het bedrijf opereert vanuit een laboratorium van 500 m² in Rotterdam, heeft ongeveer 26 medewerkers in dienst en beschikt over meer dan 10 miljoen euro aan geavanceerde apparatuur. Dit omvat meer dan 60 machines voor vloeistofverwerking, next-generation sequencing en een wereldberoemde high-throughput arrayfaciliteit.
De Erasmus MC Genomics Core Facility wordt internationaal erkend voor zijn innovaties en bijdragen aan wetenschappelijk onderzoek.
Voorbeelden/beschrijving van het soort onderzoek
De Erasmus MC Genomics Core Facility (Genomics CoFa) biedt unieke ondersteuning voor experimenteel ontwerp, data-analyse en toegang tot samenwerkingsnetwerken voor onderzoek. Het is een internationaal erkende leider op het gebied van genomica-innovatie en populatiegenomica-onderzoek. Er zijn meer dan 1000 wetenschappelijke artikelen gepubliceerd op basis van gegevens die zijn gegenereerd bij de Genomics CoFa, onder meer in vooraanstaande tijdschriften zoals Nature, Science, Cell, NEJM en The Lancet. Het onderzoek varieert van fundamenteel, op celbiologie gebaseerd onderzoek tot grootschalig populatiegenomicaonderzoek naar een breed scala aan ziekten en fenotypes.
Hoe krijgt u toegang tot de infrastructuur?
Vanwege ons internationale klanten-/gebruikersbestand verlopen veel contacten virtueel (Teams/Zoom, enz.) voor zowel intakegesprekken, het versturen van contracten, het versturen van resultaten, enz. We ontvangen ook klanten die fysiek monsters brengen (zowel interne als externe klanten), of die intakegesprekken en/of discussies over resultaten voeren. Hetzelfde geldt voor onze bio-informaticaondersteunende diensten aan klanten/gebruikers, die ook hun gegevens downloaden van datatoegangspunten op servers die wij beheren.