Infrastructuur en gebruikersdiensten
Een gestructureerde database die voldoet aan de FAIR-principes is cruciaal voor de kwaliteit van beeldvormingsstudies. De onderzoeksinfrastructuur (RI) combineert de expertise van onderzoekssoftware-ingenieurs en datamanagers om een dergelijke gestructureerde database te realiseren.
De RI heeft expertise in de ontwikkeling en validatie van (AI-)tools voor grote hoeveelheden medische beeldgegevens. Met de hulp van ervaren onderzoekssoftware-ingenieurs kan de RI deze hergebruiken voor nieuwe klinische toepassingen.
Naast ervaring uit de dagelijkse praktijk en allerlei onderzoeksprojecten heeft de RI specifieke ervaring opgedaan met grote populatiegebaseerde studies zoals Generation R en de Rotterdam Scan Study op het gebied van beeldinfrastructuur en analysepijplijnen.
De aangeboden technologieën en diensten kunnen grofweg worden onderverdeeld in drie categorieën:
1. Digitale beeldverwerking voor klinisch onderzoek (bijv. automatische tumor-/orgaan-segmentatie, biomarkers, enz.)
2. Datadiensten voor het gebruik van beeldgegevens (bijv. anonimisering, curatie, opslag, catalogisering, enz.)
3. Ontwikkeling van beeldvormingssoftware
Voorbeelden/beschrijving van het soort onderzoek
Het type onderzoek dat voornamelijk wordt gefaciliteerd door de EPI2-onderzoeksinfrastructuur is biomedisch onderzoek. Meer specifiek zijn de diensten van deze RI zeer geschikt voor grote (bijv. populatiegebaseerde cohort) studies om op een gestandaardiseerde manier allerlei geavanceerde beeldvormingsbiomarkers op te halen en om de ontwikkeling en validatie van medische beeldanalysemethoden met behulp van AI mogelijk te maken.
Hoe krijgt u toegang tot de infrastructuur?
Er kan toegang worden verleend tot ongeveer drie diensten:
- Datadiensten (bijv. opslag)
- Beeldanalyse
- Softwareontwikkeling
De toegang tot de opslag van medische beelden (d.w.z. XNAT) is geïntegreerd in de nationale Health-RI XNAT-instantie (https://xnat.health-ri.nl). (Aanvullende) ondersteuning wordt geboden door EPI2.
Nadat de toepasselijke overeenkomsten zijn gesloten (bijv. gegevensoverdracht, gegevensverwerking), wordt een account aangemaakt en kan een onderzoeker gegevens uploaden/downloaden. Op deze manier zijn ook de resultaten van beeldanalyseprojecten toegankelijk.
Toegang tot beeldvormingssoftware (ontwikkeling) verloopt via een andere route en is projectafhankelijk.
