ELIXIR-NL

Infrastructuur en gebruikersdiensten

Als Europese onderzoeksinfrastructuur die gegevens, tools en expertise op het gebied van de levenswetenschappen over nationale knooppunten heen integreert, biedt ELIXIR een kader voor het beheren en delen van enorme hoeveelheden biologische gegevens, terwijl de interoperabiliteit wordt gewaarborgd door de toepassing van normen en beste praktijken. ELIXIR helpt bij het definiëren van die normen en beste praktijken en coördineert activiteiten op het gebied van gegevensbeheer, bio-informaticaopleidingen, computationele workflows en interoperabiliteit om open en reproduceerbare wetenschap mogelijk te maken. 
Als Nederlandse knooppunt biedt ELIXIR-NL leiderschap op het gebied van gegevens- en onderzoekssoftwarebeheer, computerinfrastructuur, bevordert het de FAIR-principes (Findable-Accessible-Interoperable-Reusable) en ontwikkelt het standaarden. ELIXIR-NL leidt met name initiatieven op het gebied van semantische interoperabiliteit, federatieve gegevensanalyse, bio-informaticaopleidingen en het Research Software Ecosystem. Bij deze inspanningen werkt ELIXIR-NL samen met nationale en internationale partners om het delen en hergebruiken van data en tools te verbeteren ter ondersteuning van onderzoek op het gebied van gezondheid, landbouw en biodiversiteit. ELIXIR-NL speelt een leidende rol in 3 van de 5 platforms, 10 van de 18 onderzoeksdomeingerichte gemeenschappen en 4 van de 10 focusgroepen.

ELIXIR-knooppunten bieden meer dan 500 diensten, waaronder open toegang tot essentiële diensten die bekend staan als Core Data Resources en Recommended Interoperability Resources, software- en workflowplatforms, opleidingsprogramma's en cloudgebaseerde rekenkracht. Onderzoekers hebben toegang tot bio-informatica-tools, pijplijnen en gestandaardiseerde metadatakaders om datagestuurde ontdekkingen in de levenswetenschappen te verbeteren. 
De diensten van ELIXIR-NL omvatten twee interoperabiliteitsbronnen (MOLGENIS-datamanagementsuite en BridgeDb-mapper tussen databases), FAIR-servicesuite, WikiPathways-database en trainingsbronnen. ELIXIR-NL versterkt het Europese onderzoeksecosysteem en zorgt ervoor dat gegevens en tools op het gebied van de levenswetenschappen toegankelijk, herbruikbaar en impactvol blijven. 

Voorbeelden/beschrijving van het soort onderzoek   

ELIXIR-NL is een essentiële enabler voor alle digitale levenswetenschappen. Als backbone-infrastructuur ondersteunt het onderzoek in het hele spectrum van de levenswetenschappen, waaronder cellulair en moleculair onderzoek, menselijke gegevens en translationeel onderzoek en biodiversiteit, voedselzekerheid en pathogenen. Bijvoorbeeld onderzoek naar zeldzame ziekten, kanker, COVID-19, biodiversiteit, planten, microbioom, omics, toxicologie, voedsel en voeding.
Onderzoekspublicaties richten zich op het verbeteren van gegevensbeheer, interoperabiliteit en toegankelijkheid in de levenswetenschappen, waardoor de reproduceerbaarheid, duurzaamheid en inclusiviteit van onderzoek worden verbeterd:

• Gegevensintegratie en -mapping: gegevensidentificatoren voor betere interoperabiliteit, verbetering van onderzoek door middel van standaardprotocollen voor gegevensbeheer.
• Microbiële gemeenschappen en systeembiologie: infrastructuur voor kwantitatief onderzoek naar microbiële gemeenschappen en toepassing van systeembiologie.
• FAIRificatie van gegevens: toepassing van FAIR-principes op gegevens in de levenswetenschappen, waaronder FAIR-gegevensstations en kaders voor beter gegevensbeheer.
• Workflow- en gegevensanalysetools: verbetering van biomedische workflows met platforms zoals Galaxy, Docker en Jupyter om grootschalige biologische gegevens efficiënt te verwerken.
• Zeldzame ziekten en gezondheidsgegevens: verbetering van registers voor zeldzame ziekten en het toegankelijker en herbruikbaarder maken van gezondheidsgegevens.
• Metadata- en herkomstbeheer: het opzetten van gestandaardiseerde metadataschema's en tools voor bio-informaticaonderzoek en metadatavalidatie.
• Interdisciplinaire opleiding en samenwerking: het verbeteren van opleidingsinfrastructuren voor levenswetenschappers, met de nadruk op FAIR-principes en samenwerkingsomgevingen.
• Gepersonaliseerde geneeskunde en multi-omics: het integreren van multi-omicsgegevens (genomica, proteomica) voor gepersonaliseerde geneeskunde.
• Bio-informatica-benchmarks: benchmarking van bio-informatica-workflows om hoogwaardige gegevensanalyse te garanderen.
• Duurzaamheid en langetermijnbeheer van gegevens: creëren van infrastructuren voor het delen van gegevens en langetermijnbeheer, met de nadruk op FAIR-principes.

Hoe krijgt u toegang tot de infrastructuur?   

De meeste digitale diensten van ELIXIR zijn vrij toegankelijk. Om de integriteit en kwaliteit van databases en registers te waarborgen, is voor het wijzigen van de inhoud van deze bronnen echter meestal een login vereist. De Life Science Login (LS Login), oorspronkelijk ontwikkeld door ELIXIR als authenticatie- en autorisatie-infrastructuurdienst, wordt nu breder gebruikt in Europese digitale infrastructuren om de organisatorische of andere referenties van onderzoekers te koppelen aan het inloggen en de toegang tot diensten, waardoor dienstverleners de toegangsrechten van hun gebruikers, onderzoeksgroepen of internationale projecten kunnen beheren.